Yamori annonce qu'il fera selon les ordres de Fara car il n'est pas sous le commandement de la reine Prométhium. RÂMETAL va conquérir la Terre, on ordonne à Yamori de partir. La Terre se met soudain à trembler, RÂMETAL est là, elle s'approche de plus en plus, la mer se déchaîne, les forces magnétiques font entrer les volcans en irruption, détruisent les villes, c'est le début de la fin. Tout se dérègle… un pont magnétique et atmosphérique se forme entre les deux planètes. Les forces extraterrestres lancent alors l'offensive, de nombreux vaisseaux émergent des océans de RÂMETAL et s'apprêtent à attaquer. Le croiseur amiral en tête, les troupes se préparent. La Terre est au bord de la mort, même l'arche de Noé semble se détruire… Soudain un cercle lumineux se dessine sur la Terre, une énorme parcelle se met à léviter doucement détruisant de nombreux immeubles, L'arche de Noé s'est remise à voler, elle est prête pour l'affrontement et se dirige vers le ciel laissant s'échapper de sa structure un croiseur avec Selene pour capitaine. Sur les écrans de l'arche, l'armée de RÂMETAL est enfin visible et attaque le croiseur de Selene, le croiseur riposte mais les adversaires évitent les tirs et contre-attaquent. Une bataille s'engage. Les appareils de RÂMETAL sont rapidement détruits.

A bord de l'arche, Yukino décide de parler à Fara. Elle part envoyer un message ; Hajime tente de la suivre mais est stoppé dans sa course. Fara entre en communication et converse avec la reine des veritables intentions de RÂMETAL… Elles sont clairs… conquérir la Terre… Yukino est déçue de la réaction de Fara et coupe la communication. A bord de l'arche, elle se met à pleurer car elle doit abandonner l'homme qu'elle aime pour sauver la planète bleue. Hajime a finalement retrouvé Yukino et lui offre un bracelet. Pendant ce temps, le combat entre le vaisseau de Selene et les troupes de RÂMETAL continue et il tourne à l'avantage de l'armée de RÂMETAL ; le croiseur allié est gravement touché. Le croiseur amiral finit par frapper de plein fouet le croiseur de Selene qui part s'écraser.



Sur RÂMETAL, la phase Finale approche… Fara ordonne le lancement du " Palais Impérial flottant " de RÂMETAL qui décolle en détruisant nombre de bâtiments sur son passage. Sur l'arche, la reine demande à Yamori ce qu'il fait encore ici, il ne répond pas, et semble déçu de devoir partir, il aime encore Yukino… Le Palais Impérial qui a l'arche sur écran fait feu et l'endommage. La reine retient Hajime dans sa chute et ce dernier remarque alors le bracelet, Hajime comprend… Yukino est la reine Promethium. Hajime trouve dans le vaisseau un mécanisme fabriqué par son père et se rappelle de certaines de ses paroles sur le bien de se battre pour l'humanité. Yamori lui demande alors de l'aider et Hajime accepte. Ils partent pour le musée de la guerre. Peu après des avions de la seconde guerre mondiale décollent pour faire face aux chasseurs de RÂMETAL. Au sol, ce sont des tanks et des mitrailleuses de la seconde guerre mondiale qui affrontent les troupes larguées par le palais impérial qui finit par se poser sur l'arche. La bataille fait rage et malgré leur haute technologie, l'armée de RÂMETAL a du mal à tenir.

Brusquement, Hajime voit Yamori se diriger vers le croiseur amiral, il reçoit l'ordre du croiseur de partir, il hurle alors qu' il ne reçoit d'ordre que de sa reine et s'élance, après avoir subit de nombreux dommages, sur la cabine de pilotage du croiseur amiral provoquant ainsi sa destruction. les troupes de RÂMETAL, malgré leur surnombre, n'effraient pas les terriens qui affrontent leurs ennemis avec courage. Durant ce temps, Yukino pleure la mort de sa sœur et fait appel à Mirai, la gardienne du cimetière sacré. Cette dernière se rend alors dans le couloir aux femmes étranges et réveille les anciennes reines des milles ans qui font usage de leurs pouvoirs pour faire retourner les troupes de RÂMETAL chez elles, puis quatre croiseurs représentant chacune des reines sortent de l'arche et pulvérise l'armée de chasseurs extraterrestres. Yayoi Yukino arrive au palais et rencontre la reine Rarela. A ses pieds git le corps inanimé d'une femme… Mirai, qu'elle prend dans ses bras. Une discussion s'engage sur la folie de cette attaque et Rarela maintient que les hommes ne peuvent vivre ensemble.



Soudain, Fara arrive dans la salle. La reine de RÂMETAL en profite et lance un puissant rayon d'énergie qui frappe Prométhium en plein cœur. Au même moment, le croiseur amiral se désagrége sous les attaques des croiseurs des reines millénaires. Les hommes sont entrés dans le palais et progressent rapidement.

Fara doit tuer Prométhium sur les ordres de la reine Rarela, mais Hajime arrive et le tue, puis il affronte la reine qui le désarme ; et quand tout semble perdu, la reine est transpercée par un laser. C'est prométhium qui dans un dernier sursaut de vie a tiré. Fara se relève alors gravement blessé et saisie l'auréole de Rarela, ce qui fait disparaître son pouvoir. Il meurt et la reine qui se retrouve privée de tout pouvoir rampe pour fuir… Hajime court alors vers prométhium pour la sauver. Rarela, quant à elle, fait redémarrer son palais et tente de fuir, mais les anciennes reines du fond des temps, grâce à leur puissance, détruisent le palais provoquant la mort de la reine.



L'arche de son coté, son office terminé, va se reposer sur la Terre à son emplacement d'origine. Yukino est gravement blessée, Hajime est à son chevet. Elle lui révèle que c'est de sa faute si son père est mort. Hajime ne lui en veut pas car c'était pour sauver la Terre. A l'observatoire, on a remarqué qu'une galaxie entière s'approche et qu'elle va tout détruire sauf RÂMETAL, car elle a une orbite autour d'un minuscule soleil noir… Hajime retourne voir la reine Prométhium mais il est déjà trop tard, elle a rendu son dernier souffle. Ses dernières volontés ont été portées sur un document remis au jeune garçon. Le soir, à la nuit tombée, on assiste aux obsèques de la reine du fond des temps, et l'on s'apprête à la renvoyer sur RÂMETAL. Hajime est invité à prononcer un petit discours, il regarde à travers le cercueil qui est refermé par la vieille femme. Hajime déclare Yukino comme étant la femme la plus belle de la Terre. Le cercueil s'envole et part avec les anciennes reines millénaires. L'oncle de Hajime le réconforte et lui dit ne pas s'inquiéter. Au cœur de la nuit passe dans le ciel une étoile filante, puis, le jour se lève sur une Terre dévastée mais prête à se reconstruire…

Dans l'espace gît désormais un corps sans vis du nom de RÂMETAL, c'est une planète morte, plus glacée encore que les neiges des pôles…