Galaxy Express Eternal Fantasy se différencie des deux film précédents sur plusieurs points. On peut également observer l’apparition d’analogies par rapport aux divers œuvres de l’auteur.

Alors que dans les deux volets précédents, Tetsurô fait tout pour grimper à bord de l’express galactique, on remarquera ici que c’est le train qui vient le récupérer sur une Terre de désespoir. On peut suggérer l’existence d’un parallèle avec Uchû Kaizoku Captain Harlock, lorsque l’Arcadia vient chercher Tadashi Daiban, sur une terre où l’oisiveté béante à presque réduit l’humanité à l’état de légume.

Cette vision est d’autant plus frappante qu’une autre différence réside dans la fonction même du train. Tandis qu’auparavant son but premier était d’offrir des prestations ferroviaires, c’est à dire transporter des passagers pour un voyage à la fin duquel ils obtiendraient un corps mécanique, son rôle se cantonne maintenant à celui d’un véritable vaisseau, même s’il est désarmé, et on ne peut que constater l’absence de voyageurs. Une autre caractéristique de l’Univers de Matsumoto est la présence d’un animal de bord, et ce dans la plupart de ses œuvres. Contrairement aux précédents films de Galaxy Express 999, on retrouve cette particularité dans Eternal Fantasy avec l’embarquement clandestin du petit chat Mi Kun dont s’occupait Tetsurô sur Terre. En ce qui concerne les personnages, Cléa semble être à Tetsurô ce que Mime est à Harlock. Elle représente la chaleur humaine, tout comme Izelle, et contraste avec la froideur de l’esprit électronique de Kanon, ou encore de Metalmena dans Sayonara Ginga Tetsudô 999.

Pour ceux qui connaissent un peu l’univers du Maître, il aura été facile de constater que les êtres du manteau, nouveaux ennemis menaçant aux ordres de la guerrière Helmazaria, sont également présent dans une autre œuvre de Matsumoto, DNA Sights 999.9.



On remarquera également que l’image utilisée pour l’apparition du visage de Prométhium durant le survol de Pluton est la même que dans Maetel Légend, série de deux OAV qui sera produite deux ans plus tard. Ces différents détails, non négligeables, sont la preuve d’un lien étroit que tente de construire Leiji Matsumoto entre ses dernières productions.
C’est d’ailleurs depuis la reprise de ses adaptations animées en 1998 que le Mangaka semble chercher à mettre un peu d’ordre dans l’univers complexe qu’il a créé au fil des années.