Alors que le Galaxy Express vient de reprendre sa route pour Technologia, Helmazaria ordonne la destruction de la planète Bright Ring Fire Fly, condamnant ainsi à une mort certaine Izelle et son père. A bord du train, les capteurs, après avoir détecté le tragique événement qui vient de se jouer, mettent de nouveau les ordinateurs en alerte ; et le jeune Tetsurô, stupéfait de ce qui vient de se passer, ne peux s’empêcher de lâcher un cri de colère. L’onde de choc qui se propage à travers l’espace atteint le train bientôt rattrapé par d’énormes astéroïdes, dangereux fragments résiduels de ce qui reste de la merveilleuse planète aux lucioles. L’express évite tant bien que mal la menace des planétoïdes mais un fragment plus gros que les autres, en approche rapide, semble signer l’arrêt de mort des voyageurs qu’il transporte. Alors que la situation semble désespérée, une puissante vague énergétique d’origine inconnue, mais pas pour longtemps, pulvérise l’astéroïde en mille morceaux. Il s’agit de l’Arcadia, qui après avoir voyagé au travers des débris planétaires, vient leur porter assistance et s’engage dans une bataille contre le vaisseau de guerre d’Helmazaria.



Pendant ce temps, les ordinateurs du Galaxy Express ont détecté la présence d’envahisseurs à bord du train. Ce sont des Mantoru no Seimeitai ; des êtres du manteau. Ces êtres constitués de métal liquide et ressemblant étrangement à des ombres possèdent un cœur composé d’Hélium 3, élément instable qui peut exploser au moindre contact. Profitant de la surprise des passagers, les soldats Métanoïdes, qui se sont introduits discrètement, exécutent les ordres reçus et se font sauter en mettant leurs mains en contact avec leur cœurs. L’explosion violente qui en résulte provoque la perte de nombreux wagons mais épargne miraculeusement Maetel et Tetsurô qui ont réussi à se réfugier dans une autre voiture. Helmazaria, face à l’échec de ses troupes et à la destruction de son vaisseau par l’Arcadia du Captain Harlock, décide de grimper à bord du train et de s’occuper en personne des deux voyageurs. S’engage alors un nouveau duel, plus violent que le précédent, entre la guerrière Metanoïde et le jeune garçon.



La combattante durant le combat semble avoir repris à nouveau l’avantage, mais Tetsurô, bien que blessé, réussi malgré tout à la toucher et à la blesser grièvement avec son Cosmo Gun. Maetel, qui va prendre connaissance de l’état de la guerrière spatiale, lui fait comprendre qu’elle a commis une erreur en ne tuant pas Tetsurô sur Bright Ring Fire Fly, quand elle en avait l’occasion. Helmazaria reconnaît qu’elle n’aurait jamais du sous-estimé le jeune homme et, pour se justifier et défendre son honneur, lui apprends qu’elle a elle-même un garçon de la même stature que Tetsurô. Sur ces dernières paroles, la métanoïde se relève, non sans quelques difficultés, et se jète du train, dans le vide sidéral.



Le calme est revenu à bord du Galaxy Express ; mais alors que les passagers se remettent doucement des mésaventures qu’ils viennent de vivre, le contrôleur leur annonce qu’il a reçu des nouvelles du département scientifique de Technologia plutôt mauvaises et hélas concernant la Terre. Le soleil est devenu une super nova. Tetsurô qui croit d’abord à une blague est vite rattrapé par l’inéluctable réalité lorsqu’il assiste impuissant à l’explosion de la Terre et du système solaire, détruits par leur étoile nourricière devenue une Géante. Maetel explique que ce brusque changement n’est pas le fruit du hasard mais le fait d’une volonté intelligente qui a pour objectif d’exterminer l’humanité et de la priver de sa source d’énergie. Tetsurô complètement désespéré ne peut s’empêcher de retenir ses larmes ; en détruisant la Terre, on vient de lui ôter les rêves et les espoirs qu’il caressait jour après jour, restaurer sa planète et en faire un monde aussi magnifique que Bright Ring Fire fly. Harlock, dont le vaisseau a maintenant rejoint le Galaxy Express, lui explique que face à l’adversité, il ne faut jamais se décourager et rester la tête haute. Les rêves et les espoirs ne meurt jamais et quoi qu’il arrive, le temps ne peut réussir à en venir à bout.



La Terre et le système solaire existe encore et existeront toujours dans son cœur. Harlock l’invite à poursuivre son voyage et à réaliser ses rêves. De son côté, Cléa lui fait remarquer la présence d’un message écrit par Izelle dans son repas, message selon lequel la jeune fille prévoyait un futur magnifique grâce aux ambitions du garçon. Maetel l’encourage également à garder vive la flamme qui brûle dans son cœur et avec laquelle il a combattu jusqu’à présent. Devant tous ces encouragements Tetsurô, réconforté, est prêt à continuer son voyage et s’aperçoit, en regardant son titre de transport que la destination finale où se rend le Galaxy Express 999 a mystérieusement changé pour devenir « planète Ethernal Infinity ». Un nouveau but pour le jeune Hoshino ; Ethernal infinity, planète sur laquelle il pourra sûrement faire la connaissance de la personne qui a redonné vie à Cléa et qui a sans aucun doute les capacités de venir en aide à la Terre. L’express galactique peut désormais se rendre sur Technologia, dernier arrêt à la frontière de l’univers connu et planète sur laquelle chacun est libre de réaliser ses rêves. Le Galaxy Express y atterri, suivi de près par l’Arcadia, le Queen Emeraldas et le Yamato. Pour le 999 ; pour Maetel et le jeune Tetsurô, ce n’est que le début de nouvelles aventures ; ce n’est que le début de l’ultime voyage !